Il  Museo di Storia Naturale  è stato inaugurato il 27 Maggio 2004 e intitolato al prof. Giuseppe Mercalli. Il Museo è collocato in locali del piano terra nell’edificio “De Sanctis”, un tempo utilizzati come deposito di suppellettili in disuso. Vi si accede dal corridoio centrale e si snoda in una serie di locali intercomunicanti, per arrivare all’ultimo che si apre su un pianerottolo prospiciente  l’ingresso del “ Convitto Nazionale” , annesso al Liceo fino al 1901, attraverso una scala restaurata e pavimentata con le “riggiole” recuperate della vecchia pavimentazione. L'ingresso presenta la collezione di modelli botanici e anatomici di fine Ottocento ed inizi Novecento. Le due sale seguenti raccolgono i reperti della Collezione Mercalli, la quarta è dedicata essenzialmente  ai minerali, ma in essa sono esposti anche campioni della ricca collezione litologica. Le 4 sale successive ospitano reperti animali. Per esigenze espositive e di spazio i reperti sono esposti in ordine filogenetico inverso, per trovare nell’ultimo locale gli invertebrati. In questa sala è esposta anche una parte della collezione malacologica.