Questa sezione del Museo è dedicata ai minerali e  a una parte della ricca collezione litologica. I minerali raccolti nel grande armadio sono ordinati secondo il criterio cristallochimico, dagli elementi nativi ai solfuri, aloidi, ossidi, carbonati, silicati. In una delle due vetrine trapezoidali, originariamente usate nella distrutta Chiesa di San Sebastiano per l’ ostensione di busti di Santi, è esposto il gesso, nelle sue differenti forme cristallografiche (dall’Alabastro alla Rosa del Deserto), il quarzo nelle sue molteplici varietà e, nel ripiano inferiore, stalattiti e stalagmiti. Nella seconda trovano posto invece minerali utilizzati anche in gemmologia e, a titolo puramente esemplificativo, qualche campione litologico. Una vetrinetta sospesa mostra campioni della Collezione Moncharmont,  corredati da etichette estremamente precise. Sul tavolino ci sono i minerali che, dal talco al diamante, costituiscono i riferimenti della scala della durezza dei minerali, la scala di Mohs.